《港區國安法》規定由特首從各級法院法官中指定法官審理國安案件，終審法院前首席法官李國能早前撰文質疑此舉損害香港的司法獨立。就有關質疑，全國人民代表大會香港基本法委員會副主任譚惠珠認為，《港區維護國家安全法》第44條並沒有損害司法獨立，行政長官有權委任一批指定法官處理涉及國家安全的專責案件，而香港司法獨立並不等於司法機構可以變成獨立王國。
譚惠珠在接受亞太法律協會專訪時指出，李國能反對行政長官委任指定法官審理國家安全案件，提出的理由有三：一、司法機構獨立於行政機關，應由獨立的司法機構決定審理國安有關案件的法官；二、行政長官缺乏挑選法官時所需的經驗和專長；三、行政長官作為香港維護國家安全委員會主席，不宜獨自挑選指定法官。
《基本法》充分保障了審判的獨立
然而譚惠珠解釋，司法獨立或審判獨立是指法官審訊時，不受行政機關、立法機關、中央政府、媒體或任何第三者干預，法官只會依照自己對法理的理解和證供的配合作出獨立的判斷。因此，司法獨立並非等於司法機構獨立於政府之外或與行政長官並列。而且，《基本法》中提及香港的法院享有獨立的司法權、審判權和終審權，已充分保障了審判的獨立。
她指出，《基本法》提及行政長官可以任命通過司法人員推薦委員會的人選為法官，行政長官依法任免法官，根本談不上所謂「行政機關干預司法機構」。行政長官對法官的任命權是實質性的。司法人員推薦委員會是一個法定諮詢機構，在任何意義上都不是一個權力機構。
譚惠珠舉例，美國總統是美國國家安全委員會主席，亦有權任命聯邦法官，兩者並沒有衝突。行政長官即使是港區維護國家安全委員會主席，身兼多職，並不代表她不能委任法官處理特殊案件。
譚惠珠認為，市民可以放心，因為行政長官委任法官而影響審訊獨立的情況絕不會發生，相信每一位通過推薦委員會的法官均會進行獨立審訊。
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